หลังจากจบศึกกับนากา เหล่าบาคุกันต่างกลับมาที่โลกวันเดอร์เรฟโวลูชั่น กับใช้ชีวิตอย่างสงบสุขลงเรื่อยมาหลังจากการปกป้องโลกมนุษย์ไว้ได้ แต่ 3 ปีต่อมา ได้มีกองทัพลึกลับลักพาตัวบาคุกันเพื่อทำการต่อสู้ในขณะเดียวกัน 6 นักรบแห่งเวสโทรเอีย ยุคใหม่ก็พ่ายแพ้แก่กลุ่ม HEX กลุ่มนักเล่นบาคุกันแห่งชาวเวสเตอร์ กลุ่ม 6 นักรบแห่งเวสโทรเอีย ถูกจับตัวไปทำให้ดราโก้ที่กลายเป็นในเพอร์เฟกต์คอร์ แกนกลางของโลกเกิดทนไม่ได้ที่ถูกกลุ่ม HEX รุกรานทำให้ 6 นักรบแห่งเวสโทรเอีย ยุคแรกปรากฏตัวและแบ่งร่างดราโก้ขึ้นมา

ในโลกมนุษย์ พวกดันได้ไปเดินเล่นขณะเดียวกันประตูมิติได้ถูกเปิดขึ้นมาพร้อมกับดราโก้และบอกให้ดันเข้าไปในโลกวันเดอร์เรฟโวลูชั่นเพื่อต่อกรกับกลุ่ม HEX ขณะเดียวกันดันได้พบกลุ่มต่อต้าน HEX ที่มีชื่อว่า บาคุกันดีเฟนเดอร์ โดยแนวทางคือช่วยเหลือบาคุกันที่มีชีวิตและปกป้องโลกวันเดอร์เรฟโวลูชั่น